珠澳跨境工业区由澳门政府提出建设，珠海市政府申报，于2003年12月经国务院批准设立。这个园区的建设，是中央为了加强粤澳、珠澳经贸合作，维护澳门长期繁荣稳定而设立的全国第一家跨境工业区。跨境工业区总占地面积0.4平方公里，其中珠海园区0.29平方公里，澳门园区0.11平方公里，由珠海市和澳门特别行政区分别通过填土造地形成。

 两个园区之间由一条自然形成的水道作为隔离，开设专门口岸通道连接。跨境工业区珠海园区完全依靠土地出让资金进行各项基础设施和口岸联检设施建设，自2004年3月28日开始填海造地，2006年9月完成园区基础设施、海关监管设施和口岸联检设施，并通过海关总署等国家9部委联合验收，同年12月8日，珠澳跨境工业区专用口岸开通启用（全天24小时开放），标志着珠澳跨境工业区正式运行。

 珠海园区、澳门园区分别由珠海市人民政府、澳门特别行政区政府分别管理。珠澳跨境工业区珠海园区的政策特点：实行 “保税区＋出口加工区出口退税政策＋24小时通关专用口岸”（简称“三合一”）优惠政策。